ポケモンレンジャーになることを目指す主人公は、家族のもとを離れアルミア地方のレンジャースクールに転校しました。スクール生活のなかでポケモンレンジャーへの道を一歩ずつ進んでいくうちに、友情をはぐくみ、ポケモンレンジャーとしての心得を身につけていきます。そして、レンジャースクールを卒業し、アルミア地方の平和を守るポケモンレンジャーとしての生活が始まります。
そのころ、アルミア地方では突然ポケモンがあばれだすなど不可解な出来事が起こりはじめます。レンジャーの一員としてポケモンたちの力を借りながら、原因究明のために活動していくと、ポケモンの力を利用しようとしているあやしい組織「ヤミヤミ団」の存在が見えてきます。いろいろな事件を解決していくなかでヤミヤミ団の悪事をあばき立ち向かいながら、トップレンジャーへと成長していきます。
<b>荷物はこびから、火事の消火までさまざまなミッションにチャレンジ</b>
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所属するレンジャーベースのリーダーバロウやレンジャー活動の拠点となるレンジャーユニオンなどから、"重要な荷物を運ぶ"、"森の火事を消す"といったミッションをあたえられます。ミッションをクリアしていくとポケモンレンジャーのクラスも上がります。ポケモンと力をあわせ、さまざまなミッションをクリアしながらトップレンジャーになることをめざします。<br clear="all">
<b>グルグル囲んでポケモンと心をかよわせる</b>
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「キャプチャ」とは、ポケモンと心をかよわせることをいいます。ポケモンレンジャーはキャプチャ・スタイラーをつかってポケモンをグルグルと囲むことでキャプチャすることができます。そうして心の通じ合ったポケモンは仲間となって主人公にいろいろな力をかしてくれます。<br clear="all">
<b>ポケモンの力を借りて困難に立ち向かう</b>
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冒険を進めていくと木が倒れていたり、岩がじゃまをしたりして先に進めないことがあります。そんなときは仲間のポケモンの力で木を切ったり、岩をこわしたりすることで解決していきます。このような障害物を「ターゲット」といい、ポケモンの力をかりて解決することを「ターゲットクリア」といいます。<br clear="all">